กองกลาง สำนักงานอธิการบดี มีหน่วยงานภายใน ตามประกาศมหาวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนราชการ ระดับงานในมหาวิทยาลัยราชภัฏกาญจนบุรี พ.ศ.ศ.2550 เมื่อวันที่ 19 พฤศจิกายน 2550 มีหน่วยงานสังกัด จำนวน 7 งาน ได้แก่ งานบริหารทั่วไป งานบริหารงานบุคคล งานบริหารพัสดุ งานบริหารการคลัง งานประชุมและพิธีการ งานอาคารสถานที่ ภูมิสถาปัตย์และสาธารณูปโภค และงานรายได้และทรัพย์สิน ต่อมาเมื่อวันที่ 7 เมษายน 2554 ได้มีประกาศมหาวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนราชการระดับงานเพิ่มเติม จำนวน 1 งานได้แก่ งานประชาสัมพันธ์ ต่อมาเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน 2557 ได้มีประกาศมหาวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนราชการระดับงาน เพิ่มเติม จำนวน 1 งาน ได้แก่ งานบริการวิชาการและกิจการพิเศษ ต่อมาเมื่อวันที่ 19 สิงหาคม 2560 ได้มีประกาศมหาวิทยาลัย เรื่อง การจัดตั้งส่วนงานภายใน สำนักงานสภา มหาวิทยาลัยราชภัฏกาญจนบุรี โดยมีฐานะเทียบเท่าระดับงาน สังกัดกองกลาง สำนักงานอธิการบดี อยู่ภายใต้การกำกับของสภามหาวิทยาลัย และมีสายการบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อรองอธิการบดีผู้ดำรงตำแหน่งเลขานุการสภาสภามหาวิทยาลัย  ต่อมาเมื่อวันที่ 30 ตุลาคม 2560 มีประกาศมหาวิทยาลัย เรื่อง การจัดตั้งส่งส่วนงานภายใน สำนักงานจัดการผลประโยชน์ ซึ่งควบรวมงานรายได้และทรัพย์สินและงานบริการวิชการและกิจการพิเศษมีฐานะเทียบเท่าระดับงาน สังกัดกองกลาง สำนักงานอธิการบดี ให้อยู่ในความดูแลของอธิการบดี หรือผู้ที่อธิการบดีมอบหมาย มีหัวหน้าสำนักงานที่ได้รับการแต่งตั้งจากอธิการบดี